Probabilmete la nascita della città è legata alla partcolare posizione geografica che dominava la sterminata distesa del “Tavoliere” e che le valse il nome di “sentinella delle Puglie”.

Per testimonianza del geografo greco Strabone, Diomede, di ritorno dal saccheggio di Troia, depose la statua di Athena, che gli abitanti del luogo veneravano, nell'omonimo tempio lucerino. Da ciò, deriva la leggenda che vuole Lucera fondata dall'eroe graco. Secondo alcuni, la città è di fondazione osca; secondo altri di origine dauna.

Come sono incerte le sue origini, così il suo nome ha una etimologia forse di origine etrusca poichè nel linguaggio di quel popolo il termine "luc eri" vuol dire bosco sacro, poichè le tre colline su cui Lucera sorge erano ricoperte da una folta vegetazione sacra agli dei. Il termine potrebbe anche derivare da "Lucius", mitico re dauno, od anche da "lux Cereris" ossia città prediletta da Cerere dea romana delle messi che in questa piana, già allora, dovevano essere abbondanti. Infine, non si può escludere che il termine origini dal greco "leuka eria" ossialana bianca, poichè i poeti latini Orazio e Marziale avevano lodato la cittadina dauna le cuigreggi producevano una lana rinomata.

Qualunque fossero le sue origini, col tempo Lucera divenne una colonia romana, della nobiltà claudia, ed anche centro militare e commerciale più importante della Daunia. Per la sua fedeltà dimostrata durante le guerre sannitiche, ebbe in cambio il diritto di conio, proprie leggi, esattori e magistrati. Durante la seconda guerra punica, la città fu presa da Annibale. Nella guerra civile fu quartier generale delle legioni pompeiane primdi essere presidiate da Cesare. Sempre in conseguenza della sua lealtà verso Roma, nel '90 A.C. ottenne l’ambita cittadinanza romana.
Già nel primo secolo D.C. Lucera fu sede di una delle prime comunità cristiane guidate dal vescovo Basso che morì martire sotto l’imperatore Traiano (112 d.c.).
La favorevole posizione difensiva le consentì di svilupparsi e di accrescere la sua influenza. L’anfiteatro romano, costruito in onore dell’imperatore Cesare Augusto, è tra i più antichi dell’Italia meridionale e, probabilmente il primo sorto in onore di Augusto. Le dimensioni dell’anfiteatro, inoltre, ci confermano l’importanza di Lucera quale colonia romana.
Considerando che l’imperatore soleva visitare le province dell’impero per conoscere le loro necessità, è assai probabile che abbia sostato anche a Lucera che costituiva un importante punto di appoggio sull’adriatico per la flotta romana.
Con Costantino, nel 642 d.c., Lucera fu a capo di una vasta regione che comprendeva la Puglia, la Calabria e parte degli Abruzzi. Durante il dominio dei Longobardi Lucera dipendeva dai Duchi di Benevento ma, nel 663 fu attaccata e distrutta dai bizantini di Costante 11.
La città si riprese ben presto anche sotto il dominio bizantino, ma è sotto il dominio di Federico Il di Svevia che divenne una delle roccheforti più importanti d’Italia.Il monumento più maestoso di quel periodo è, senza dubbio, la fortezza svevo- angioina che sovrasta la città sul lato nord con la sua muraglia lunga circa 900 metri. Costruita sui ruderi dell’arx romana, servì da dimora in quel periodo a decine di migliaia di saraceni.
Vera miniera archeologica, all’interno della fortezza vi sono tracce di una grotta neolitica, ruderi del periodo romano, di quello svevo e di molte costruzioni angioine, tra cui quelle di una chiesa forse dedicata a San Francesco.

L’imperatore volle che la città divenisse un’oasi araba e vi fece costruire sontuosi palazzi di stile moresco, moschee, fondaci ed harem, oltre ad un Istituto superiore di Filosofia, Astronomia, Matematica e Medicina.

“Lugerah” si mantenne fedele fino alla morte di Federico Il avvenuta il 13 dicembre 1250 a Castel Fiorentino. Suo figlio Manfredi perse il trono e la vita nella battaglia di Benevento (1266) contro Carlo I d’Angiò. Il figlio di quest’ultimo, Carlo Il, nel 1300 distrusse la città e massacrò l’intera popolazione mussulmana. Decise, inoltre, di cambiare il nome di Lucera in quello di “città di Santa Maria” ed iniziò la costruzione della Cattedrale sui resti della precedente moschea. La rese anche cittànon soggettaal servaggio feudale (cioèdemaniale).

Il suo successore, Roberto D’Angiò, costruì una cerchia di mura a difesa della città, resistita fino a pochi secoli fa, e di cui resta la “Porta di Troia”.

Nella disputa tra Renato D’Angiò e Alfonso D’Aragona per la successione al Regno di Napoli, Lucera su divisa ma Alfonso fu clemente con le città conquistate e istituì in questa città il Tribunale della Dogana della mena delle pecore in Puglia, importante istituto giuridico che fu poi trasferito a Foggia.

Sotto il dominio spagnolo Lucera, nel generale decadimento delle condizioni economiche, fu comunque capoluogo di una vasta provincia, sede della regia udienza e del supremo tribunale penale e civile, con vasta giurisdizione sulla Puglia e sul Molise, e vide per tutto il 1500 accrescere la propria popolazione. Nel i8o6, anno in cui cessò per sempre il dritto feudale, Lucera si vide privata delle sue prerogative più importanti che passarono a Foggia Nel 18o8 fu istituito il Tribunale di prima istanza e, in seguito, per alcuni anni il Real Collegio che fu sede delle cattedre universitaria di Diritto, Agraria e Medicina e Chirurgia.

Oggi Lucera, tuttora sede di Tribunale e di Diocesi vescovile, ospita ancora uno degli ormai rari Convitti Nazionali, dedicato a Ruggero Bonghi.